Le projet de construire une église au Port émerge en 1892 grâce à une pétition de la population. La première pierre est posée en 1903, le chantier démarre en 1904. La nef se termine en juillet 1905. Le révérend-père Meillorat est l’architecte de l’église construite en matériaux locaux : basalte, moellon et pierre de taille. Cependant, la charpente métallique, arrive par bateau – Ville de Majunga – en novembre 1907 seulement. Bien qu’inachevée, l’église est inaugurée une première fois le 6 janvier 1908 par l’abbé Pascal, vicaire général, jour anniversaire de la fête de Jeanne d’Arc.
Les murs du transept et du choeur sont achevés à la fin de l’année 1913 et une nouvelle inauguration a lieu le 5 avril 1915.
Au fil des décennies, l’église connaît plusieurs transformations : pose du carrelage en 1933, remplacement de la cure en bois sous tôle en 1964, réfection de la toiture en 1967 et pose de vitraux en 1968. La place de l’église est aménagée dans les années 1970. En 1995, le clocher est réparé et l’horloge remplacée par une version électronique. Une autre rénovation a lieu 2005. En 2010, une pierre située sous l’une des voûtes de l’entrée se détache. La commune du Port engage alors des travaux de sécurisation et de rénovation. L’église restaurée est inaugurée en juin 2018.